El nivel de formación en Básica Secundaria y Media, está formado por todos los grados que conforman el ciclo de secundaria (6°, 7°, 8° y 9°) y media (10° y 11°). En éstos niveles se potencializando la formación en conceptos y conocimientos más elaborados y estructurados, de tal forma que el estudiante pueda ir siendo partícipe de su propio proceso de formación.

El nivel Básica Secundaria y Media tiene como objetivos principales buscar en los estudiantes el desarrollo de un pensamiento crítico y analítico a través de la participación y el cultivo de valores de organización social y convivencia humana. Además, la ejecución de procesos que estimulen la asimilación de conceptos científicos, en las áreas del conocimiento que sean objeto de estudio, de acuerdo con el desarrollo intelectual, la edad y el medio, la educación para la higiene y la salud de su propio cuerpo y la formación para la protección del medio ambiente, el desarrollo de habilidades comunicativas para leer, comprender, escribir, escuchar, hablar y expresarse correctamente; el desarrollo de conocimientos matemáticos necesarios para mejorar y utilizar operaciones simples de cálculo y procedimientos lógicos elementales en diferentes situaciones, así como la capacidad de solucionar problemas cotidianos que impliquen estos conocimientos; el desarrollo el conocimiento y ejercitación del propio cuerpo mediante la práctica de la educación física, la recreación y los deportes, adecuados a su edad y conducentes a un desarrollo físico armónico; el desarrollo de habilidades artísticas mediante la expresión corporal, la representación musical, plástica, literaria y el desarrollo de actitudes favorables al conocimiento, valoración y conservación de la naturaleza y del medio ambiente.

El Colegio Cajamag proyecta a sus estudiantes hacia la consolidación de su proyecto de vida, para lo cual fortalece permanentemente la preparación en las pruebas de estado, como también desarrolla el sistema de evaluación basado en las competencias establecidas desde el ICFES y desde el MEN para este nivel. El Colegio Cajamag proyecta a la comunidad a realizar prácticas en entornos reales o simulados, a través de proyectos transversales como: agricultura urbana, promoción y animación de lectura, emprendimiento, canción de inglés, ferias y exposiciones culturales, entre otros.